Metsäohjelman tavoitteena on lisätä metsien suojelualaa keinoilla, jotka perustuvat metsänomistajien vapaaehtoisuuteen. METSO-ohjelman toteutus vauhdittui erityisesti yksityismaiden luonnonsuojelualueiden perustamisen ja suojelutarkoitukseen ostettujen maiden osalta, mutta tavoitteisiin pääsemiseksi määrät tulisi vuositasolla 2-3 kertaistaa nyt toteutetusta.

Metsänomistajat ovat olleet kiinnostuneita metsien suojelusta METSO-ohjelman kautta ja metsäammattilaisia on koulutettu laajasti tunnistamaan kohteita. Henkilöresurssien puute ELY-keskuksen ympäristötoimialalla ja kestävän metsätalouden rahoituslain luonnonhoitomomentin varojen niukkuus on hidastanut ohjelman toteutusta. Etelä-Savon metsäkeskuksessa on kehitetty paikkatietopohjaista päätöksentekotyökalua, jotta niukat varat voitaisi ohjata suojelun kannalta parhaimpiin kohteisiin.

Talousmetsien monimuotoisuutta pyritään parantamaan lisäämällä metsissä lahopuun, järeiden haapojen ja palaneen puun määrää. Muutokset lahopuun määrässä tapahtuvat varsin hitaasti. Säästöpuita jää uudistushakkuualoille sertifioinnin edellyttämää määrää enemmän, mikä vähitellen näkyy lahopuun määrässä.

Monimuotoisuuden kannalta arvokkaat kohteet myös säilyvät hakkuissa yleensä hyvin, mutta parannettavaa on edelleen pienvesien lähimetsien käsittelyssä. Vesiensuojelun taso on hakkuissa kohtuullisen hyvä. Maanmuokkauksessa erityisesti ojitusmätästysten vesiensuojelun toteutukseen tulisi kiinnittää enemmän huomiota.