Metsäohjelman tavoitteena on lisätä metsien suojelualaa keinoilla, jotka perustuvat metsänomistajien vapaaehtoisuuteen. Vapaaehtoisen suojelun mahdollisuus on herättänyt laajaa kiinnostusta metsänomistajien parissa ja ympäristötuen kysyntä on ylittänyt rahoitusmahdollisuudet. Vuoden 2010 lopussa jäi ympäristötukia rahoittamatta tai tilauksia oli niin paljon, että vuoden 2011 varat olivat käytännössä varatut. Tästä syystä ei varsinaista markkinointia voitu tehdä. Voimassa olevia sopimuksia oli vuoden 2009 lopussa 372 kpl, pinta-alaltaan 1310 ha. Metsätalouden ympäristötukea myönnetään yksityisille maanomistajille etupäässä metsälain 10 §:n erityisen tärkeiden elinympäristöjen suojelusta aiheutuvien menetysten korvaamiseksi.

Metsäkeskus aloitti valtakunnallisena luonnonhoitohankkeena Monimuotoiset talousmetsälehdot –hankkeen. Hankkeen tavoitteena on parantaa talousmetsälehtojen monimuotoisuutta hakkuiden avulla. Hanke on saanut metsänomistajilta myönteisen vastaanoton ja kohteita on saatu toistakymmentä, yli 100 hehtaaria. Ensimmäiset hakkuut ovat talvella 2011.

Metsäkeskus toteutti useita luonnonhoitohankkeita mm. puronvarsien monimuotoisuus- ja vesiensuojelusuunnittelua, kosteikkojen parantamista ja lähteiden luonnontilan palautuksia. Uudentyyppisenä luonnonhoitotyönä aloitettiin petolintujen pesäpuiden turvaamishanke yhteistyössä lintuharrastajien kanssa.